Xcodeのアカウント設定に[Source Control Accounts]という項目がありGitHubが設定できます。メニュー[Xcode|Preference…]から[Accounts]画面を開きます。画面左には[Apple IDs]に自分のApple IDが登録されているかと思います。画面の左下に[+|–]ボタンがついているので [+]ボタンを選択[Select the type of Account you would like to add:]画面リストをスクロールすると[GitHub]が出てきますので[Continue]します。
上のような[Sign in to your GitHub Account]ダイアログが出ます。AccountとTokenを入れるのですがここに入れるトークンは、GitHub側で設定します。設定方法の詳細は、下記URL(doc.github.com)に書いています。
このトークンと自分のGitHubアカウントを、Xcodeの[Accounts |Select the type of Account you would like to add:]画面[GitHub]で選択した[Sign in to your GitHub Account]ダイアログのAccountとToken項目に入力します。